2016年7月14日 訊 /生物谷BIOON/ --蛋白質(zhì)之間的相互作用（PPIs）是細(xì)胞功能的基礎(chǔ)，很多年來(lái)科學(xué)家們一直在嘗試研究繪制出PPIs的圖譜以幫助理解細(xì)胞過(guò)程發(fā)生的機(jī)制，如今刊登于PNAS上的一篇研究報(bào)告中，來(lái)自石溪大學(xué)的研究人員通過(guò)研究開(kāi)發(fā)了一種超高速的方法來(lái)模擬蛋白質(zhì)之間的相互作用，該方法或可幫助設(shè)計(jì)新型藥物來(lái)抑制引發(fā)疾病的問(wèn)題蛋白間的相互作用。
蛋白質(zhì)是細(xì)胞的主要架構(gòu)元件，很多蛋白質(zhì)可以通過(guò)相互作用來(lái)發(fā)揮其正常功能，因此對(duì)蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)構(gòu)特性分析或可幫助闡明有機(jī)體如何在正常狀況下及疾病發(fā)生過(guò)程中發(fā)揮機(jī)體的作用。研究人員Dima Kozakov說(shuō)道，目前我們考慮的問(wèn)題是利用兩種獨(dú)立蛋白的三維結(jié)構(gòu)來(lái)預(yù)測(cè)這些蛋白之間相互作用的機(jī)制。
在這項(xiàng)標(biāo)題為“Protein-protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds”的研究論文中，研究者解釋了如何利用一種新型的算法來(lái)開(kāi)發(fā)出模擬蛋白互作的超高速方法，研究者表示，這種新型方法相比此前的方法要快10至100倍。同時(shí)研究者還利用了快速多功能傅里葉變換（FMFT）的技術(shù)來(lái)加速計(jì)算過(guò)程，這樣就可以使得他們收集大量的假設(shè)蛋白-蛋白間的復(fù)雜構(gòu)象。
研究者Kozakov認(rèn)為，這種方法的背后理念就是將蛋白質(zhì)表現(xiàn)為一種量子形狀的組合，從而就可以利用單一的計(jì)算過(guò)程來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)許多對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行快速的分析；這種方法在15分鐘內(nèi)就可以進(jìn)行運(yùn)行，并且常被用于替代昂貴的實(shí)驗(yàn)性技術(shù)來(lái)確定蛋白間的復(fù)雜結(jié)構(gòu)。
通過(guò)一種名為ClusPro的特殊蛋白-蛋白“?？俊狈?wù)器，這種新算法將會(huì)被很多科學(xué)家所獲得，最后研究者表示，這種新算法一旦在ClusPro服務(wù)器中運(yùn)動(dòng)，將會(huì)幫助科學(xué)家們對(duì)整個(gè)細(xì)胞中的蛋白互作進(jìn)行模擬，而這對(duì)于后期開(kāi)發(fā)多種新型藥物來(lái)抑制缺陷性蛋白引發(fā)的疾病或?qū)?lái)巨大幫助。（生物谷Bioon.com）
